Cikal bakal Aswaja NU Center berawal dari sebuah kajian islam yang mengfokuskan materi pada bidang keaswajaan. Kajian tersebut dikenal dengan kajian islam Ahl as-Sunnah waljama'ah atau disingkat KISWAH. kajian islam Ahl as-Sunnah waljama'ah (KISWAH) ini di prakarsai oleh para penggede NU di PWNU Jatim, mulai dari Rais Syuriah hingga katib Syuriah dan telah dibahas pada saat rapat harian di PWNU JATIM.
Pada awalnya kajian islam Ahl as-Sunnah waljama'ah (KISWAH) dilaksanakan pada bulan Ramadhan tahun 2010, dan sesuai dengan hasil rapat harian,KISWAH dilaksanakan setiap hari ahad mulai pagi hingga siang hari di bulan Ramadhan dan yang menjadi pemateri pada saat itu adalah dari dewan Syuriah PWNU Jatim. Setelah bulan Ramadhan berakhir para dewan syuriah sangat menyayangkan jika KISWAH juga ikut berakhir. Selain itu karena dianggap sangat penting di dalam menanggulangi derasnya arus faham lain maka KISWAH harus tetap dilaksanakan. Pelaksanaan KISWAH itu sendiri dilaksanakan setiap sebulan sekali oleh Lajnah, lembaga dan Banom yang bersangkutan.
Setelah berjalan selama kurang lebih satu tahun,tidak hanya KISWAH tetapi terdapat juga program lain seperti TOT dan Buletin yang dilaksanakan. dan untuk mendapatkan pemahaman yang lebih konprehensif, KH. Abdurrahman Nafis Lc. MHI mengusulkan kepada pengurus PWNU agar dibuat suatu wadah dimana didalamnya terdapat perangkat pelaksana program yang berisikan tentang kajian islam keaswajaan. Sehingga sesuai amanat Konperwil pada tanggal 31 Januari 2011 bertepatan dengan peringatan Harlah NU ke 85 di PWNU Jawa Timur dilaksanakan launching perangkat pelaksana program yang berisikan tentang kajian islam keaswajaan yang diberi nama ASWAJA NU CENTER JATIM oleh wakil ketua umum Pengurus Besar Nahdhatul Ulama : Drs H. As'ad Said Ali.
Aswaja NU Center dipimpin oleh seorang direktur, untuk wilayah Jawa Timur direkturnya adalah KH. Abdurrahman Nafis, Lc MHI(saat ini menjabat sebagai wakil katib suriyah PWNU Jawa Timur). Aswaja NU Center JATIM di mempunyai lima divisi, yakni divisi Kiswah (Kajian islam ala Ahlu as-sunnah wal jama'ah ), Dakwah (Dauroh Ahlu as-sunnah wal jama'ah), Makwah (maktabah Ahlu as-sunnah wal jama'ah), Uswah (usaha sosialisasi Ahlu as-sunnah wal jama'ah), dan Biswah (Bimbingan Ahlu as-sunnah wal jama'ah).
